Falando com o FaBMak surgiu a dúvida de como definir prioridade entre repositórios para o apt sempre baixar o programa do repositório escolhido. A solução encontrada foi esta:

Primeiro crie o arquivo: /etc/apt/preferences

Agora adicione:

Package: NomeDoPacote
Pin: origin http://www.debian-multimedia.org
Pin-Priority: 600

Package: NomeDoPacote
Pin: origin http://www.ibiblio.org
Pin-Priority: 610

Package: NomeDoPacote
Pin: origin http://www.argon.org
Pin-Priority: 620

Com isso o pacote vai ser atualizado pelo repositório que tiver maior prioridade, mesmo que um repositório de menor prioridade tenha uma versão mais recente do pacote.